La Chiesa di Santa Maria Maddalena che vediamo oggi è il frutto di varie ricostruzioni e ampliamenti operati fino al 1869 con la realizzazione della nuova navata di sinistra e della nuova sagrestia. 

La chiesa nella sua forma originale ad una navata fu edificata nel cinquecento da Giuliano Capranica. Questa informazioni ci vengono fornite da due iscrizioni poste all'interno della chiesa. Sappiamo  infatti che fu Giuliano Capranica ad edificarla (dalle fondamenta!) grazie all'iscrizione nel fregio del cornicione all'interno della chiesa stessa:

IVLIANVS CAPRANICA DVOR(VM) CARDINALIV(M) EX HOC OPPIDO ORIVNDOR(VM) PRONEPOS QUOR(VM) ALTERN(VM) IN PAPAM ELECTVM IMPORTVNA MORS PRAERIPVIT NE TANTOR(VM) VIRORVM VIRTVTIS AC RELIGIONIS LVMINVM PARENS TELLVS INHONORATA IACERET TEMPLVM HOC DIVAE MAGDALEN(A)E A FVNDAMENT(IS) EREXIT

[GIULIANO CAPRANICA PRONIPOTE DEI DUE CARDINALI PROVENIENTI DA QUESTA CITTA' E DI CUI UNO FU RAPITO DA SCIAGURATA MORTE (APPENA) ELETTO PAPA, AFFINCHE' LA TERRA CHE DIEDE LORO I NATALI NON RIMANESSE SENZA UN SEGNO DI (DOVUTO) ONORE ALLA LUMINOSITA' DELLA VIRTU' E DELLA RELIGIOSITA' DI COSI' GRANDI UOMINI, COSTRUI' DALLE FONDAMENTA QUESTO TEMPIO DEDICATO A SANTA MADDALENA]

dove, inequivocabilmente, si legge che il tempio è stato edificato dalle fondamenta da Giuliano Capranica pronipote dei cardinali Angelo e Domenico della nobile famiglia Capranica. Angelo Capranica nacque a Capranica Prenestina nel 1415 e il fratello Domenico quindici anni prima. Quest'ultimo, in particolare, fu un grande umanista e studioso di teologia e filosofia nella Roma del '400 al punto che fu anche indicato come probabile papa, ma la morte lo colpì proprio durante il conclave. E' utile precisare che il nome orginale del paese è Capranica e solo nel 1872 fu aggiunta Prenestina per differenziarla dall'altra Capranica in provicia di Viterbo.

Nell'iscrizione non è indicata la data, ma sappiamo, grazie a quanto riportato nel prezioso inventario redatto nel 1754 dal parroco di allora Don Filippo Orsi in occasione del restauro del 1750, che sopra la sommità dell'arco della nicchia maggiore del presbiterio si legge l'anno MDXX (1520).

Il restauro del 1750 fu molto invasivo e anche irrispettoso della precedente costruzione. Fu realizzata la volta  sovrapponendola al soffitto in travatura e per questo rialzato con evidenti danni  alle decorazioni cinquecentesche della cupola. Fu anche modificata la facciata e costruito un piccolo portico a cuspide a protezione del portone di accesso. In compenso fu eseguito un affresco di elegante fattura dai pittori romani V.Strighetti e C.Armellini nella zona centrale della volta .

Nel 1868-1869 fu eseguito un ulteriore restauro(?) con la costruzione della navata di sinistra e la nuova sagrestia al posto della cosidetta "stanza dei morti", ovvero l'ossario.  

Sono seguiti altri piccoli restauri fino all'ultimo ancora incompleto in varie parti ed in particolare per quanto riguarda la ristrutturazione dell'organo a canne e di circa metà dell'interno della navata centrale.

La Chiesa della Maddalena è caratterizzata dalla bellissima cupola ("Il Cupolino") e dalla torre campaniaria del '400. La cupola è stata oggetto di vari studi i quali hanno riconosciuto che molto probabilmente è un'opera di aiutanti e allievi della scuola del Bramante. La torre campanaria anche per la sua posizione asimmestrica rispetto alla chiesa, è probabilmente parte a se stante e appartenente ad una chiesa orientata differentemente dall'attuale che poi nella ricostruzione del 1520 è stata inglobata con il resto del nuovo edificio.

Opere di valore rinvenute nella chiesa sono il Leone portastemma e l'Eolo, entrambi attribuiti fin dal 1754 a Michelangelo Buonarroti. I reperti facevano parte delle decorazioni della chiesa cinquecentesca.

Attulmente l'Eolo è custodito a Palestrina presso il Museo Diocesano Prenestino di Arte Sacra. Il Leone portastemma è possibile ammirarlo nella chiesa stessa.

Le informazioni storiche sono state liberamente tratte dalle pubblicazioni:

• "La chiesa di Capranica Prenestina - Dissertazione letta alla Pontificia Accademia Romana di Archeologia dal Mons. Prof. Gaetano Bossi" - Casilina Stampa - Roma 1973
• "Arnaldo Bruschi: Tra Roma e Milano. Qualche considerazione sul coro "bramantesco" di Capranica Prenestina" - Tratto da "Studi di Storia dell'arte in onore di Maria Luisa Gatti Perer" a cura di Marco Rossi e Alessandro Rovetta - Ed. Vita e Pensiero - Milano 1999
• "Capranica Prenestina - Dieci secoli di storia" di Antonio Rita

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